『ユーザーホームページでCGIが「500 Internal Server Error」が出てしまう対処法(その１)』でも実行できない場合は、suExecを無効にしましょう。
　　参照：http://kajuhome.com/tips/tips_03_011.shtml

suExecが有効になっているか確認
# apachectl -V
Server version: Apache/2.2.2
Server built:　 May 11 2006 09:49:26
Server's Module Magic Number: 20051115:2
Server loaded:　APR 1.2.2, APR-Util 1.2.2
Compiled using: APR 1.2.2, APR-Util 1.2.2
Architecture:　 32-bit
Server MPM:　　 Prefork
　threaded:　　 no
　　forked:　　 yes (variable process count)
Server compiled with....
 -D APACHE_MPM_DIR="server/mpm/prefork"
 -D APR_HAS_SENDFILE
 -D APR_HAS_MMAP
 -D APR_HAVE_IPV6 (IPv4-mapped addresses enabled)
 -D APR_USE_SYSVSEM_SERIALIZE
 -D APR_USE_PTHREAD_SERIALIZE
 -D SINGLE_LISTEN_UNSERIALIZED_ACCEPT
 -D APR_HAS_OTHER_CHILD
 -D AP_HAVE_RELIABLE_PIPED_LOGS
 -D DYNAMIC_MODULE_LIMIT=128
 -D HTTPD_ROOT="/etc/httpd"
 -D SUEXEC_BIN="/usr/sbin/suexec"
 -D DEFAULT_PIDLOG="logs/httpd.pid"
 -D DEFAULT_SCOREBOARD="logs/apache_runtime_status"
 -D DEFAULT_LOCKFILE="logs/accept.lock"
 -D DEFAULT_ERRORLOG="logs/error_log"
 -D AP_TYPES_CONFIG_FILE="conf/mime.types"
 -D SERVER_CONFIG_FILE="conf/httpd.conf"

上記の様に「-D SUEXEC_BIN="/usr/sbin/suexec"」という部分があり、そのパスにバイナリモジュールが存在していれば有効になっています。

モジュールがあるか確認
# ls -l /usr/sbin/suexec
-r-s--x--- 1 root apache 12024　2月 12 08:12 /usr/sbin/suexec

バイナリモジュールをリネーム
# mv /usr/sbin/suexec /usr/sbin/suexec_bak
バイナリモジュールを削除するか、リネームすれば無効になります。

反映させる為にapacheを再起動
# /etc/rc.d/init.d/httpd restart